现在许多文章都会将自己的原始数据提交到公共数据库中，本篇教程以这篇文章为例简单地介绍以下如何下载这些数据。

在文章的 Materials and methods 中的的 Accession numbers 部分，可以找到测序数据在 NCBI 数据库中的编号：PRJNA754696。

这是一个 BioProject 编号，文章提交的 RNA-seq 和 DAP-seq 的数据都被包括在这一个 BioProject 中。

我们可以在 EBI 上搜索这个编号，找到对应的这个 BioProject 的页面）。

在 BioProject 的页面中找到 Generated FASTQ files: FTP 这一栏目，点击上面 Download All 按钮，便可下载下来一个 bash 脚本。这个脚本中写着要下载的文件的链接以及 wget 命令。

在安装好了 WSL 和 Windows Terminal 后（参考：简单的 WSL 教程），将这个脚本放到要装数据的文件夹里，右键空白处，选择“在终端中打开”，便可在此处启动 WSL，然后键入如下命令：

bash <下载下来的脚本名>

便可用 wget 批量地下载 FASTQ 格式的数据了（如果提示没有 wget，可用 apt 安装）。

然而这样只能一个一个地下，而且由于 wget 不支持断点续传，如果中间断网了，就需要先弄清哪个下了，哪个没下，然后再修改脚本，去掉下过的，再重新运行，比较麻烦。

一个更方便的方法是使用命令行下载工具 aria2 进行下载，aria2 可用 apt 安装。

sudo apt install aria2

aria2 支持从文本文件中直接读取下载地址，所以可以先从 EBI 的脚本中把下载链接复制出来。

ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/034/SRR15724034/SRR15724034_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/031/SRR15724031/SRR15724031_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/028/SRR15724028/SRR15724028_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/032/SRR15724032/SRR15724032_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/029/SRR15724029/SRR15724029_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/035/SRR15724035/SRR15724035_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/033/SRR15724033/SRR15724033_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/029/SRR15724029/SRR15724029_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/031/SRR15724031/SRR15724031_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/035/SRR15724035/SRR15724035_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/036/SRR15724036/SRR15724036_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/030/SRR15724030/SRR15724030_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/033/SRR15724033/SRR15724033_2.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/028/SRR15724028/SRR15724028_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/030/SRR15724030/SRR15724030_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/036/SRR15724036/SRR15724036_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/034/SRR15724034/SRR15724034_1.fastq.gz
ftp://ftp.sra.ebi.ac.uk/vol1/fastq/SRR157/032/SRR15724032/SRR15724032_1.fastq.gz

放进一个文件里（比如 download_links.txt），然后运行下面的命令。

aria2c -i download_links.txt -c

这样 aria2 就会以多线程同时下载多个文件，而且支持断点续传，中断了以后重新运行这条命令即可。

下载下来的文件名都是 SRR 开头的编号，要知道那个数据对应的是那个样本，可以在 EBI 中 BioProject 的页面上点击 Show Column Selection，然后勾上 sample_alias，便可显示样本的名字了。

（不同的数据提交者可能在不同的字段里写样品信息，对于其他的数据，找不到的话可多勾选几个其他的字段看看）