使用 MACS Call Peak

MACS 是最常见的 Call Peak 的软件, MACS 可用 apt 安装.

sudo apt install macs

安装完成后便可用 MACS call peak 了.

macs2 callpeak \
    --treatment A1-1.bam \
    --control A1-Input.bam \
    --format BAMPE \
    --gsize 370000000 \
    --name A1-1 \
    --outdir A1-1_peak \
    --qvalue 0.01

各个参数的意义如下：

  • --treatment：要 call peak 的 BAM 文件
  • --control：对应的对照或 input 的 BAM 文件，如果没有对照，也可以不要这项
  • --format：输入文件的类型, 可选 BAM（单端测序）、BAMPE（双端测序）等
  • --gsize：拟南芥大概 120000000, 水稻大概 370000000
  • --name：输出文件的前缀
  • --outdir：指定输出的目录
  • --qvalue：peak 的 q-value 上限
  • --tempdir：指定运行过程中临时文件存放目录

通过键入上面的命令，macs2 将在指定的输出目录下生成五个前缀相同，后缀不同的文件。

  • {prefix}_peaks.xls：一个包含 peak 信息及分析时的各种参数的表格，其中的坐标与 0-base 的 BED 文件不同，是 1-base 的
  • {prefix}_summits.bed：包含 peak 最高点位置信息的 BED 格式文件
  • {prefix}_peaks.narrowPeak：包含 peak 位置和统计信息的 BED 6+4 格式文件