deeptools 是一个常用的对序列比对结果的 BAM 进行进一步处理和可视化的软件。

在进行序列比对和 call peak 后，

这里我们以简单的序列比对教程中基因组序列比对的结果，以及简单的 Call Peak 教程中 call 的 peak 为例，介绍一下 deeptools 的使用方法。

0. 安装 deeptools

安装 deeptools 的方法可参考 deeptools 文档的 Installation 部分。除此之外，deeptools 也可用 apt 进行安装。

sudo apt install python3-deeptools

1. 将 BAM 转换为 BigWig 格式

使用 deeptools 进行可视化之前，需要将 BAM 文件转换为 BigWig 文件，deeptools 中负责这项操作的是 bamCoverage 命令。

一个抄自 HBC Traning的使用例子如下。

bamCoverage \
    --bam A1-Input.bam \
    --outFileName A1-Input.bw \
    --binSize 20 \
    --normalizeUsing BPM \
    --smoothLength 60 \
    --extendReads \
    --centerReads \
    --numberOfProcessors 6

其中：

  • --normalizeUsing BPM 使 reads 数被标准化，类似于 RNA-seq 标准化中的 TPM
  • --smoothLength 60 使每一个 bin 的值是由其周围的一个范围取平均值得到的，这使获得的数值更平滑
  • --extendReads 和 --centerReads 将双端的 reads 延伸为两端对应的 fragment，然后将位置移到 fragment 的中间，这使富集的区域更集中

获得的 BigWig 文件（A1-Input.bw）可以直接拖到 IGV 中进行可视化。

2.